Desde el punto de vista geológico, el yacimiento está situado en la Cuenca de Madrid, al sur de la Sierra de Guadarrama, en una zona caracterizada por la abundancia de recursos minerales. Se trata de una formación miocena donde se localizan cuatro episodios de sílex y ópalo, entre capas de arcillas magnesianas y dolomías.

En las columnas geológicas, realizadas en diferentes zonas del yacimiento, se puede observar cómo los distintos episodios silíceos se disponen de forma subhorizontal a distintas profundidades. Estos episodios están compuestos por uno o varios niveles de nódulos y/o capas lenticulares frecuentemente discontinuas, que presentan un espesor variable nunca superior a los 40 cm de grosor.